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    標題摘要內容
     自主產品

    自主產品?
    自主產品?
    新品上市 | RNA-seq研究中rRNA去除的“福音”
    來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-11-10 | 6840 次瀏覽 | 分享到:





    產品簡介

    轉錄組測序能全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在特定狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,是研究基因表達調控的主要手段。轉錄組測序中樣品是來源于細胞或組織中經分離的總RNA,包括編碼RNA(mRNA)和非編碼RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。對于轉錄組分析中的目標RNA(mRNA和LncRNA),rRNA的數據屬于冗余信息,因為rRNA含量RNA總量80%以上,且提供的轉錄本信息非常少,浪費了寶貴的測序數據。所以,在RNA測序的過程當中,首先要解決的問題,是如何去除rRNA。

     

     

    1:RNA分類導圖

     

    rRNA去除方法的比較

    現有的用于rRNA去除的方法主要有兩種。一種是通過DNA探針或者RNA探針雜交捕獲rRNA再用鏈霉親和素磁珠吸附去除的方法,這種方法稱為Ribo-Zero-seq,比如Illumina Ribo-zero和Thermo RiboMinus系列所用的方法。這種方法操作簡單,可應用于混合樣本,但是需要的樣本起始量高(1 μg以上)且對樣本的完整性有較高要求,rRNA的殘留率也相對比較高,價格昂貴。另一種方法的RNase H消化法,采用特異性的DNA探針與rRNA雜交,利用RNase H能夠特異性消化DNA-RNA雜交鏈中的RNA單鏈,而未與探針雜交的mRNA,lncRNA等不受影響,從而富集目標RNA。該方法需要的樣本起始量比較低(低至100 ng)且可適用于部分降解的樣本,而且rRNA的殘留率比方法一要低,價格相對便宜。吉賽生物的新品核糖體RNA去除試劑盒采用的方法是RNase H消化法,能夠高效去除核糖體RNA。

     

     

    圖2:RNase H消化法原理圖

     

    高效去除rRNA

    吉賽生物最新出品的核糖體RNA去除試劑盒[RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)] 正是利用RNase H消化的方法進行去除的。該試劑盒能夠去除人、小鼠和大鼠Total RNA中的核糖體RNA(包括28S、18S、5.8S、5S和線粒體rRNA 16S、12S),保留mRNA和其他非編碼RNA信息(lncRNA、circRNA等)。試劑盒中的雜交探針是由吉賽生物專業的研發團隊精心設計的針對人/小鼠/大鼠等哺乳動物的特異性探針,在保證RNA轉錄本完整的前提下,達到最大化的去除rRNA的目的。并且,經過我們內部的多次測試,rRNA的去除效率立竿見影,屢試不爽。

     

     

    圖3:a)qPCR檢測rRNA表達量的變化;b)qPCR檢測GAPDH表達量的變化;c)rRNA殘留率比較圖

     

    以下是吉賽生物研發實驗室測試的部分數據,可見,Ribomoval試劑盒的rRNA去除效率高且效果穩定。

     

    圖4:吉賽生物研發實驗室部分測試樣本rRNA殘留率

     

    通過以上的研究對比分析可以看出,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat的整體性能略優于市面上的主流產品,對于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,經rRNA去除所獲得的RNA可用于mRNA非編碼RNA的高通量測序分析,能顯著提高測序結果中有效數據比例,是人、大小鼠等哺乳動物RNA文庫構建中去除rRNA的優選。

     

    產品特點

    樣品廣泛:對于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。

    高效去除可有效去除人/小鼠/大鼠的95%-99.9%的rRNA,去除效率高且效果穩定。

    數據全面保留mRNA和其他非編碼RNA信息(lncRNA、circRNA等),使轉錄組數據更加全面。

    兼容性強與各種RNA純化方法和RNA建庫試劑盒兼容。

     

    適用范圍

    適用于人、小鼠或大鼠來源的0.1~1 μg Total RNA樣本。

     

     

    產品列表

    貨號

    產品名稱

    規格

    S0101

    RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

    12 rxns

    S0102

    RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

    24 rxns

    S0103

    RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

    48 rxns

    S0104

    RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

    96 rxns



    產品說明書
    吉賽生物Ribomoval? rRNA Depletion Kit (HumanMouseRat)說明書Cat.No. S01

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