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    標題摘要內容
     自主產品

    自主產品?
    自主產品?
    新品上市 | 植物樣品RNA-seq“新伙伴”上線
    來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2021-07-02 | 2465 次瀏覽 | 分享到:

    轉錄組測序(RNA-seq)能全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在特定狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,是研究基因表達調控的主要手段。植物轉錄組測序中樣品是來源于植物植株的某些組織部位經分離的總RNA,包括編碼RNA(mRNA)和非編碼RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。對于轉錄組分析中的目標RNA(mRNA和LncRNA),rRNA的數據屬于冗余信息,因為rRNA含量占RNA總量的80%以上,且提供的轉錄本信息非常少,浪費了寶貴的測序數據。所以,在RNA測序的過程當中,首先要解決的問題,是如何去除rRNA。

     

    產品描述

    Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant),一款專為植物樣本去除核糖體RNA而設計的試劑盒。采用RNase H消化法去除植物根、種子和葉片Total RNA中的核糖體RNA(包括25S、18S、5S和線粒體rRNA 26S、18S;葉綠體rRNA 23S、16S),保留mRNA和其他非編碼RNA信息(lncRNA、circRNA等)。本試劑盒對于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,經rRNA去除所獲得的RNA可用于mRNA和非編碼RNA的高通量測序分析,能顯著提高測序結果中有效數據比例。

     

     

    實驗原理


     

    圖1:RNase H消化法原理圖

     

    使用范圍

    適用于多種植物來源的0.1~2 μg Total RNA樣本,針對不同的組織部位具有良好的兼容性。

     

    產品特點

    樣品廣泛:對于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。

    兼容性強能兼容多種植物物種以及不同的組織部位(根、種子和葉片)。

    高效去除:可高效去除多種植物物種的95%-99.9%的rRNA。

    數據全面保留mRNA和其他非編碼RNA信息lncRNA、circRNA等),使轉錄組數據更加全面。

     

     

    產品組成

    組分和名稱

    S0201 (12rxn)

    S0202 (24rxn)

    S0203 (48rxn)

    S0204 (96rxn)

    Probe Buffer

    36 μL

     72 μL

    144 μL

    288 μL

    Probe Mix (plant)

    24 μL

     48 μL

    96 μL

    192 μL

    RNase H Buffer

    24 μL

     48 μL

    96 μL

    192 μL

    RNase H

     12 μL

     24 μL

    48 μL

     96 μL

    DNase I Buffer

    60 μL

    120 μL

    240 μL

    480 μL

    DNase I

     12 μL

     24 μL

    48 μL

     96 μL

    注:試劑盒中每個組分的實際含量為110%。

     

    注意事項

    1、為保證rRNA去除效率, RNA樣品不應含有鹽離子 (例如Mg2+或胍鹽) 和有機物 (例如苯酚和乙醇)。

    2、RNA樣品不應有基因組DNA污染,若樣品中有gDNA殘留,應先進行DNase I消化并純化后再用于本試劑盒。

    3、RNA樣品最大投入體積為10 μL,若樣品體積較大,可先進行RNA樣品濃縮。

    4、用于RNA-Seq的樣品,建議TotalRNA起始量應高于100 ng,以增加文庫的復雜性。

     

     

    案例展示

     

    研究一、高通量測序驗證Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant) rRNA去除效果

    實驗各取三份1 μg 擬南芥/水稻/番茄/玉米/大豆 葉片total RNA 利用Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant) 及N company 試劑盒對rRNA進行去除,搭配吉賽生物自主研發的RNA建庫試劑盒(#S05)進行文庫構建,測序后的下機數據與相應的基因組數據庫進行比對。

     

    圖2  rRNA殘留率比較圖

    圖2 顯示RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant)對1 μg擬南芥/水稻/番茄/玉米/大豆total RNA中的rRNA均有顯著去除效果。同時與N company試劑盒對比,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant)的rRNA殘留率更低,去除效果更優。

    通過以上的研究對比分析可以看出,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant的整體性能略優于市面上的主流產品,能兼容多種植物物種以及不同的組織部位(根、種子和葉片),對于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,經rRNA去除所獲得的RNA可用于mRNA和非編碼RNA的高通量測序分析,能顯著提高測序結果中有效數據比例,是植物RNA文庫構建中去除rRNA的優選。

     

    產品列表

    貨號

    產品名稱

    規格

    S0201

    Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant)

    12 rxns

    S0202

    Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant)

    24 rxns

    S0203

    Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant)

    48 rxns

    S0204

    Ribomoval? rRNA Depletion Kit (Plant)

    96 rxns

     

     

     


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