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    標題摘要內容
    高通量測序
    RNA m6A甲基化測序(MeRIP Seq)
    來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-09-24 | 7400 次瀏覽 | 分享到:


            m6A(N6-methyladenosine,6-甲基
    腺苷)是真核生物中最常見最豐富的RNA修飾,作為一種可逆修飾,RNA既可以在甲基化轉移酶METTL3/14 等酶的作用下發生m6A甲基化修飾,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下發生去甲基化修飾;另外,它能夠通過YTHDC1/2 m6A 識別因子發揮重要功能,例如目前已發現 m6A 在調控基因表達、剪接、RNA編輯、RNA穩定性、控制mRNA壽命和降解、介導環狀RNA翻譯等方面扮演重要角色 。    

             
    circRNA 作為一類新的 RNA 分子,也被發現存在大量 m6A 修飾,并且與線性 RNA 共享相同的 Writers 和 Readers 但具有不同的表達模式。m6A 對 circRNA 的生命活動具有重要的調控功能,包括m6A 能夠介導 circRNA 的形成。

            目前對m6A的轉錄組研究的主要方法為MeRIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing),其原理是通過m6A特異性抗體識別并結合具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉淀,富集下來的RNA片段進行高通量測序。結合生物信息學分析,即可在轉錄組范圍內對m6A修飾進行系統研究。


    技術路線

     


    樣品要求

            樣品類型:細胞或組織,total RNA。

            物種:哺乳動物細胞或組織(有參考基因組且注釋信息完整)

            具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請咨詢技術支持。


    測序方案

            測序模式 PE150

            測序數據量 12Gb raw data


    生物信息分析流程

     

     

     部分結果展示

     

    RIP 富集分布分析

    m6A基因組特征分布分析

     

    m6A 全基因組分布分析

     

    m6A的元基因分析


     

    m6A 特定基因豐度展示


     

    KEGG通路富集分析


     

    Motif分析

     

    m6A和轉錄組關聯分析

    經典案例

    案例1



    案例2



    參考文獻
    1.  Niu, Yamei, et al. "N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: an old modification with a novel epigenetic function." Genomics, proteomics & bioinformatics 11.1 (2013): 8-17.
    2.  Shi, Hailing, Jiangbo Wei, and Chuan He. "Where, when, and how: context-dependent functions of RNA methylation writers, readers, and erasers." Molecular cell 74.4 (2019): 640-650.
    3.  Meyer, Kate D., and Samie R. Jaffrey. "Rethinking m6A readers, writers, and erasers." Annual review of cell and developmental biology 33 (2017): 319-342.
    4.  Zhou, Chan, et al. "Genome-wide maps of m6A circRNAs identify widespread and cell-type-specific methylation patterns that are distinct from mRNAs." Cell reports 20.9 (2017): 2262-2276.
    5.  Tang, Chong, et al. "m 6 A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells." Cell Research 30.3 (2020): 211-228.
    6.  Meyer, Kate D., et al. "Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons." Cell 149.7 (2012): 1635-1646.


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